其实，早在2006年2月6日，香港行政会议就指示九广铁路公司以共用通道方案作进一步规划，即兴建北环线连接落马洲，及使用现有西铁线及九龙南线的部份路轨，终点站设立于西九龙，全长30公里；预计每小时列车数目为3至5班。同年5月19日，九广铁路公司完成对广深港高速铁路香港段的研究报告，倾向于以全隧道方式，亦就是专用通道方案的一种，接驳西九龙与香港边境禁区。该方案造价约300亿港元，预计于2018年通车。
8月2日，香港政府在粤港联席会议第10次会议上提出决定以“专用通道方案”兴建广深港高速铁路香港段，总站设立于拟议中的西九龙。同年10月，。同年12月2日，九广铁路与香港地铁两铁合并成为港铁公司，广深港高速铁路香港段的统筹事务亦转交由港铁负责。
2008年1月2日，港铁公司展开首两项招标，包括一条26公里长的路轨隧道及西九龙总站的初步设计，并且研究于西九龙总站上盖发展地标式摩天大楼的可行。同年4月22日，行政会议批准港铁对广深港高速铁路香港段进行进一步的规划及设计。
2009年2月24日，。
2010年1月16日下午6时半许，经过长达15轮、近170多次提问，财务委员会正式通过拨款申请。1月27日，广深港高速铁路香港段动工。同年，走线所途经的油尖旺、深水埗、葵青、荃湾及元朗的各项相关建造工程地盘，工程亦都已经陆续展开。
可以看出，广深港高铁香港段其实立项很早，动工速度也不慢，但是，由于部分市民抗议、恶劣天气影响、引起了环境污染以及香港自身社会环境存在的一些问题等缘故，这个原定于2016年完成的工程一直被拖延着未能完工，直到今年，才算是基本完成。
