可以用于构建遗传图谱的软件有很多，从早期基于dos界面的MapMarker，到后来的MapManger、CarthaGene、JoinMap、MSTmap、HighMap、MapDisto等等，其中JoinMap自1993年发表1.0版本以来，历经多次更新，直到目前最新的5.0版本，它无疑是一款流传广泛、认知度比较高的软件，由于这是一款商业应用软件，大家都懂的，最新的JoinMap5.0在短时间内不太可能得到广泛的推广，所以我们就以目前流传最广的JoinMap4.0为例，给大家介绍一下这个经典作图软件的使用流程。
下面是实际操作步骤：
File--New Project--选择创建工程的目录--填写工程的名称
A、电子表格导入
Dataset -- Create New Dataset
用demo数据里的Demonstration.xls里的CP 群体数据创建表格
Pop.name:群体文件名称
Nr.of loci:群体的标签数
Nr.of indiv:群体的子代总数
Pop. Type:群体类型，如果是BC群体，则x和y填写回交的代数和自交的代数
注：CP群体需要添加标签类型和子代正确分型列，但不是必须，所以粘贴时要留两列空列进行占位
Edit—Transpose：可将文件转置
检查导入的分型数据是否存在错误：Dataset—Highlight Errors
注：错误的分型会标上红色，双击即可更改，当状态栏显示no coding errors detected,则不存在错误的分型
Shift+Del或者ctrl+X 可大量删除分型
创建population节点：Dataset—Create Population Node
B、loc格式导入（以demo数据中的JM20Demo.loc为例）
File--Load Data
Groupings(tree)--F9 #计算分群
依据项目物种的染色体数确定需要的分群数,右击选中(选中后显示红色)--Population—Create Groups Using the Groupings Tree获取想要的分群数并获得分群结果。
注：本数据的物种为拟南芥,拟南芥有5对染色体,故分5个连锁群
分群结果：
分群参数选择：
在导航栏右击选中Group 4节点
--Group--Calculate Map
排图参数设置
注：kosambi 考虑了双交换，Haldane不考虑双交换
排图结果：
以上就是使用这个软件构建遗传图谱的基本操作流程，可是看再多的操作文档，总是不如看实际的操作演示来得理解深刻，我们会在明日的课程中，给大家讲一下构建遗传图谱的各种数据处理问题，并给大家做一个实际演示，我们的工程师也会给大家解答一下在实际操作中遇到的困难。
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DNA事业部 李莹莹丨文案
石统伟 | 审核
